什么情况下适用农产品收购发票呢?农业生产者销售自产的农产品免征增值税，农业生产者，包括从事农业生产的单位和个人。
什么情况下适用农产品销售发票呢?财政部、国家税务总局关于免征部分鲜活肉蛋产品流通环节增值税政策的通知(财税〔2012〕75号)、《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条所列准予从销项税额中扣除的进项税额的第(三)项所称的“销售发票”，是指小规模纳税人销售农产品依照3%征收率按简易办法计算缴纳增值税而自行开具或委托税务机关代开的普通发票。批发、零售纳税人享受免税政策后开具的普通发票不得作为计算抵扣进项税额的凭证。
一般纳税人销售免税农产品，是不能开具增值税专用发票的，蔬菜配送公司沪鑫餐饮介绍说:只能开具销售发票，但一般纳税人开具的销售发票显然和75号文不相吻合了，难道只能收购者开具收购发票?
财政部、国家税务总局关于农民专业合作社有关税收政策的通知(财税〔2008〕81号)一、对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税。 二、增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额。
如果你非要让收购者开具收购发票，那农民专业合作社还领购什么普通发票呢?一个连普通发票都不领的农民专业合作社还能规范运营吗?另外这个收购发票是有使用地域限制的，比如江苏南通一般纳税人A去浙江嘉兴B专业合作社收购自产农产品，《中华人民共和国发票管理办法》：“除国务院税务主管部门规定的特殊情形外，任何单位和个人不得跨规定的使用区域携带、邮寄、运输空白发票。”你瞧，你这南通收购发票都不能携带到浙江去。这下子好了，销售补票不算，收购发票不能用，岂不是不能抵扣了?还是看下各个省的变通办法吧;
《广东省国家税务局关于加强农产品收购发票管理有关问题的公告》(广东省国家税务局公告2015年第14号)纳税人向农业生产者个人收购自产农产品，可以向主管国税机关申请领用农产品收购发票，主管国税机关根据纳税人的经营项目和经营规模，对其领取发票的种类、数量、版面金额以及领取方式按规定予以确认。
广东言外之意，向农业生产者单位收购自产农产品就不能领购农产品收购发票了，蔬菜配送公司沪鑫餐饮介绍说:而应当由农业生产者单位开具免税的销售发票，而《甘肃省国家税务局中药材购销行业税收管理办法(试行)》(甘肃省国家税务局公告2015年第7号)对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税，购货方为增值税一般纳税人的，凭农民专业合作社开具的增值税普通发票计算抵扣增值税进项税额。OK，甘肃省说的更加明白了。免税的销售发票也可以抵扣。而不管这个农民专业合作社是一般纳税人还是小规模纳税人。
农产品抵扣问题按照《增值税暂行条例》、财税[2016]36号和国家税务总局2016年第26号公告的规定，一般纳税人购进农产品按下列办法抵扣农产品进项税额：
1、向农业生产单位或农民专业合作社购进其自产的农产品(免税)，凭农业生产单位或农民专业合作社开具的普通发票抵扣进项税额;(人家都是单位了，有普通发票，你收购者就不要再去领什么收购发票来开了，麻烦)
2、向农民个人购进其自产的农产品(免税)，凭农民个人向税务机构申请代为开具的普通发票，或一般纳税人自开的收购发票抵扣进项税额;(多好，如果异地收购的，使用不了收购者机构所在地的收购发票，农民个人可以去申请代开普通发票)
3、向其他一般纳税人购进非自产农产品(应税)，凭增值税专用发票抵扣进项税额;(人家手里有专用发票)
4、向小规模购进非自产的农产品(应税)，凭自开或向税务机关代为开具的增值税普通发票(或专票)抵扣进项税额;(人家手里有销售发票，没有就去代开)
5、向批发、零售单位购进的(免税)非自产农产品，按照财税[2012]75号的有关规定，不得抵扣进项税额。
所以固然上有政策，但政策如果有不便之处，或者有暇眦之处，还是要变通些的好。
